黄瓜叶绿体基因组全序列微卫星分布特征与标记开发

摘要 : 对黄瓜叶绿体基因组 (chloroplast genomic DNA， cpDNA) 全序列中微卫星(chloroplast simple sequence repeat， cpSSR) 的分布特征进行了全面分析。结果发现， cpSSR主要分布在25~40 kb和100~130 kb两个区域， 主要以完全重复和间隔重复为主。单碱基重复最多， 占总数的79.3%， 二碱基重复占10.1%， 三碱基和三碱基以上重复仅占10.6%。单碱基重复主要以(A)_n和(T)_n为主， 二者共占总数的78.8%， 二碱基重复主要是(AT)_n， 占总数的9.3%。在重复次数分布上，完全重复的(A)_n 和(T)_n均以最低重复次数为主， 而间隔重复的(A)_n和(T)_n以14次或15次为多。设计了6对引物， 对7份黄瓜自交系cpDNA进行扩增。结果发现， 6对引物均有扩增产物， 每对引物平均能检测到2.2个等位基因。几乎所有引物都能在甜瓜、西瓜、葫芦和栝楼中通用， 5对引物在1~4种远缘种中有扩增产物。上述结果表明， 从黄瓜cpDNA中发掘cpSSR标记是一条可行的途径。

CSTR: 32200.14.cjcb.2009.01.0012