scRNA-seq与scATAC-seq数据整合分析方法及其在生物医学中的应用
孟子行1 李艳国2 戎浩3 廖奇3*
(1宁波大学医学部公共卫生学院, 宁波 315211;2宁波大学新药技术研究院, 宁波 315211; 3宁波大学医学部, 宁波 315211)
摘要 :
随着测序技术的发展, 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)与单细胞染色质可及性测序(single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing, scATACseq)的出现可以在单细胞层面探索基因表达与染色质结构的开放程度, 而两种测序数据的整合分析也为生物医学研究带来了开辟性的分析思路和方法。研究者可以获得更为全面的细胞功能与细胞状态的信息、细胞内复杂的基因调控网络, 从而揭示生命活动的本质和规律。该文全面探讨了scRNA-seq与scATAC-seq数据整合工具的分析流程、原理及特点, 并展示了这些工具在疾病机理研究、肿瘤学、发育生物学等领域的应用成果, 凸显了整合分析技术在揭示细胞分子机制、理解疾病进程及开发新治疗策略中的独特价值。
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