中国南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发

摘要 : 该文对中国南瓜(Cucurbita moschata Duch)开展转录组测序分析, 共获得61 882条 Unigene, 利用MISA软件搜索1 Kb以上的12 526条Unigene, 共检测出5 407个SSR位点, 分布于4 348 条Unigene中, 出现频率为43.17%, 平均分布距离为4.76 Kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸 和三核苷酸, 分别占总SSR的47.92%、24.45%和19.66%。二核苷酸重复基序中以GA/TC为优势重 复基序, 三核苷酸重复基序以GAA/TTC为主。利用Primer 3.0共设计出6 489对SSR引物。从92对有 效扩增引物中随机选择30对引物, 对30个中国南瓜种质进行多态性验证分析, 其中18对(占60%)引 物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图, 可将30份供试材料分为2类。利用中国南瓜转录 组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点, 且类型丰富, 为中国南瓜遗传多样性分析和 遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。