毛白杨真菌胁迫下miRNA靶基因预测和生物信息分析

摘要 : 目前, 关于杨树在真菌胁迫下其miRNAs对基因的调控作用研究较少。准确快速地预测并鉴定miRNA靶基因, 对揭示真菌胁迫下miRNAs在基因调控中的作用至关重要。该文根据miRNA的进化保守性, 通过靶基因预测软件psRNATarget, 以已知的毛果杨miRNAs为探针, 与毛白杨真菌胁迫下转录组的基因序列比对, 找到其中347个miRNAs的772个靶基因, 分别编码与植物激素信号传导、植物病原互作、谷胱甘肽代谢等与植物抗病密切相关的蛋白。miR393通过转录后水平作用于靶基因, 调节生长素信号以响应多种外界刺激。该研究发现了miR393的11个靶基因, 主要参与生长素介导的信号通路; 其中6个靶基因(SD1-13、CYP83B1、AFB2、TIR1、AFB3和PSBR)存在差异表达, 这些基因是研究miR393的生物学功能的关键候选基因。