转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用
李小白1 向 林1 罗 洁1 胡标林2 田胜平1 谢 鸣1* 孙崇波1*
1浙江省农业科学院, 杭州 310021; 2江西省农业科学院, 南昌 330200
摘要 : 新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq), 其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本。由于其高通量和低成本的优势, RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上。在此综述中, 讨论了RNA-seq的测序策略, 包括物种遗传背景的考量, 测序平台和数据拼接软件的选择。RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的, 由于这些标记在相关物种中有很高的通用性, 因此在比较作图中有其不可替代的优势。
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