雄激素非依赖性前列腺癌细胞中差异甲基化基因的初步筛选
秦婷婷1 许 刚1 季丽丽1 陶志华1,2*
1温州医学院温州附属第一医院实验诊断中心, 温州 325000;2浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心, 杭州 310009
摘要 : 应用全基因组DNA甲基化芯片(Illumina Infinium HumanMethylation27 BeadChip)杂交
技术以及转录组RNA测序技术, 检测了雄激素依赖性前列腺癌(androgen-dependent prostate cancer,ADPC)细胞株LNCaP和雄激素非依赖性前列腺癌(androgen-independent prostate cancer, AIPC)细胞株LNCaP-AI(androgen independent)中的差异甲基化基因。发现与LNCaP细胞株相比, LNCaP-AI细胞株有990个CpG位点表现为高甲基化, 涉及855个基因; 2 305个CpG位点表现为低甲基化, 涉及1 970个基因。结合转录组mRNA表达结果, 筛选出6个超甲基化基因: FAM111B、RAB36、PCDH7、COL6A2、IGF1R、GULP1; 8个低甲基化基因: EPHA3、TM4SF1、IGFBP5、FAM105A、RASD1、ITPR2、CYP27B1、UBE2E3。这些差异甲基化基因涉及钙离子信号通路、Wnt信号通路等多个信号通路, 参与了细胞的基因表达、信号传导、细胞通讯、细胞运动、细胞黏附以及血管生成等功能,为探讨这些差异甲基化基因在前列腺癌雄激素非依赖性转化过程中发挥的作用奠定了基础。
技术以及转录组RNA测序技术, 检测了雄激素依赖性前列腺癌(androgen-dependent prostate cancer,ADPC)细胞株LNCaP和雄激素非依赖性前列腺癌(androgen-independent prostate cancer, AIPC)细胞株LNCaP-AI(androgen independent)中的差异甲基化基因。发现与LNCaP细胞株相比, LNCaP-AI细胞株有990个CpG位点表现为高甲基化, 涉及855个基因; 2 305个CpG位点表现为低甲基化, 涉及1 970个基因。结合转录组mRNA表达结果, 筛选出6个超甲基化基因: FAM111B、RAB36、PCDH7、COL6A2、IGF1R、GULP1; 8个低甲基化基因: EPHA3、TM4SF1、IGFBP5、FAM105A、RASD1、ITPR2、CYP27B1、UBE2E3。这些差异甲基化基因涉及钙离子信号通路、Wnt信号通路等多个信号通路, 参与了细胞的基因表达、信号传导、细胞通讯、细胞运动、细胞黏附以及血管生成等功能,为探讨这些差异甲基化基因在前列腺癌雄激素非依赖性转化过程中发挥的作用奠定了基础。
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