藻胆蛋白简化分子结构的理论计算

湛　敏^1,2　程江维^1,2　曹友东^1,2　吴友恒^1,2张云怀^1,2*

¹重庆大学化学化工学院, 重庆 400030; ²重庆市三峡库区自然生态系统结构与系统模拟重点实验室, 重庆 400030

摘要 : 本文以蓝藻内特殊的色素蛋白—— 藻胆蛋白(phycobiliprotein， PC)为研究对象，首先对生物大分子PC几何结构进行优化简化，对该分子的频率进行了计算，并没有出现虚频。采用半经验方法(modified neglect of diatomic overlap parametric method 3， PM3)、从头算法(hartree-fock， HF)、密度泛函法(density functional theory， DFT)分别计算了PC简化分子的能量、紫外光谱、红外光谱。结果显示活性基团的相对位置与实测值较接近，证明理论计算值接近真实情况。