基于WGCNA分析的乳腺癌相关铁死亡核心基因筛选

杨斯嘉¹张安洋¹ 举美丽¹ 杨治文¹ 刘湘² 王良君¹*

（¹锦州医科大学公共卫生学院, 锦州 121000; ²锦州医科大学第一临床医学院, 锦州 121000)

摘要 :

该文旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法筛选与乳腺癌可能相关的铁死亡核心基因, 以期为乳腺癌的诊断、治疗提供潜在靶点。从TCGA数据库中获取乳腺癌的RNA-seq数据, 通过WGCNA鉴定与乳腺癌相关的模块基因。从FerrDb数据库中提取铁死亡相关基因。对乳腺癌相关模块基因与铁死亡相关基因取交集, 筛选获得乳腺癌中与铁死亡相关的基因, 进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)途径富集分析和蛋白质互作(proteinprotein interaction, PPI)网络分析, 并对筛选的核心基因进行免疫浸润分析。共获得了32个与铁死亡相关的基因, GO富集分析结果显示, 32个基因的生物过程主要集中在对营养水平的反应和对肽激素的反应等方面; 细胞组分主要集中在转录调控复合体、脂滴等方面; 分子功能主要集中在转录调控复合体和脂滴等方面。KEGG富集分析结果显示, 32个基因主要富集在PPAR信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路。最终鉴定出乳腺癌中与铁死亡相关的5个核心基因: PPARG、ADIPOQ、FABP4、ACSL1以及PDK4。生存分析结果显示, PPARG和ADIPOQ在乳腺癌组织中的表达水平与其预后显著相关。该研究通过WGCNA分析方法鉴定出了乳腺癌中与铁死亡相关的5个核心基因: PPARG、ADIPOQ、FABP4、ACSL1以及PDK4, 为进一步的机制研究提供了依据。

CSTR: 32200.14.cjcb.2025.11.0003