环状RNAs翻译功能研究方法的建立

环状RNAs(circular RNAs, circRNAs)翻译功能的发现改变了circRNAs作为非编码RNA的传统认识, 研究circRNAs的翻译功能是circRNAs生物学功能研究领域中的一个新方向。该文旨在建立一种circRNAs翻译功能的研究方法。该研究基于胃癌患者癌组织和血浆circRNAs芯片检测结果, 筛选同步变化的circRNAs, 利用开放阅读框查找器(open reading frame finder, ORF finder)和编码潜力评估工具(coding-potential assessment tool, CPAT)分别检测上述circRNAs是否存在开放阅读框架(open reading frame, ORF)和翻译的可行性; 随后使用内部核糖体进入位点查找器(internal ribosome entry site finder, IRES finder)和circRNADb数据库分析circRNAs是否存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site, IRES), 进而采用基于序列特征的多物种m6A强大预测(robust prediction of N6-methyladenosine sites with sequence-based features in multiple species, M6AMRFS)和基于序列的RNA腺苷甲基化位点预测器(sequence-based RNA adenosine methylation site predictor, SRAMP)等工具筛选circRNAs是否含有m6A修饰位点; 最后通过交集分析, 筛选出可能具有翻译功能的circRNAs。结果显示, 7种circRNAs可能具有翻译功能, 其中hsa_circ_0001479同时具有IRES和m6A介导的翻译功能; hsa_circ_0001278、hsa_circ_0001439和hsa_circ_0000220可能通过IRES介导翻译, 而hsa_circ_0001017、hsa_circ_0008351和hsa_circ_0004406可能通过m6A介导翻译。该研究为探讨circRNAs是否具有翻译功能提供了参考依据, 对所选择的分析方法的可行性通过构建过表达质粒和Western blot加以验证。结果表明, 该研究建立了一套具有可行性的circRNAs翻译功能研究方法。