毛竹微型颠倒重复序列的鉴定及分子标记开发

MITEs(miniature inverted-repeat transposable elements)又称颠倒重复序列, 是缺少转座酶序列的非自主型转座子, 在真核生物基因组含量丰富, 是基因组多态性形成的重要驱动力之一。该研究利用MITE Tracker软件, 在毛竹(Phyllostachys edulis)新版基因组中鉴定到1 579个MITEs家族, 共包括18 373个全长MITEs, 占毛竹基因组的0.34%, 被归入到7个超家族。超家族的插入时间跨度为0.5~16.5 mya, 其中有3个超家族在2~4 mya经历过一次扩增事件; 2个超家族分别在1~2 mya和3~5 mya经历两次扩增事件; 2个超家族在0.5~16.5 mya经历一次长期扩增。MITEs偏好插入基因或基因附近, 且Micron-like超家族偏好插入ATT与ATA之间。该研究开发了3个分子标记, 可从12份雷竹变种变型材料中鉴定出4份。综上所述, 该文主要分析了毛竹基因组中MITEs的分布、进化及插入情况, 并获得了3对可以区分雷竹变种变型的分子标记, 为下一步验证MITEs功能奠定基础。