茄子EST-SSR分子标记的鉴定及多态性分析

曾美娟^1,2 刘建汀^1,2 卓玲玲^1,2 陈敏氡^1,2 叶新如^1,2 王彬^1,2 朱海生^1,2* 温庆^1,2*

(¹福建省蔬菜遗传育种重点实验室, 福州 350013; ²福建省农业科学院作物研究所, 福建省农业科学院蔬菜研究中心, 福建省蔬菜工程技术研究中心, 福州 350013)

摘要 :

为了加快茄子(Solanumm elongena L.)分子遗传学研究和分子标记辅助育种, 对其开展转录组测序, 采用软件MISA(MicroSAtellite)对茄子转录组中的SSR位点进行搜索, 共检测出5 562 个SSR位点, 分布于3 438条Unigenes中, 出现频率为13.23%, 平均分布距离为9.73 Kb。三核苷酸和二核苷酸重复出现频率占优势, 分别有3 546个和1 270个, 分别占总SSR的63.75%和22.83%。利用 Primer 3.0设计引物, 随机选择其中20 bp以上SSR序列的100对引物进行合成, 92对引物实现有效扩增, 占100对SSR引物的92%, 从有效扩增引物随机选取30对引物对29份茄子材料进行扩增及多态性评价, 30对均有多态性差异。通过UPGMA作图, 供试的29份不同的茄子材料被划分为2类。基于茄子转录组测序开发的EST-SSR标记具有较高的可用性, 为茄子种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源。