杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用

该研究主要开发筛选适用于杂交兰的EST-SSR引物, 为杂交兰种质资源评价和遗传变异研究等提供可靠的分子标记。该研究对杂交兰进行转录组高通量测序, 挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记, 并对不同种质的遗传多样性进行分析。结果表明, 从31 724 条杂交兰Unigene中检测出18 603个SSR位点, SSR出现频率为58.64%; SSR位点中的主导类型是单核苷酸重复, 占总SSR的65.10%, 其次是二核苷酸(23.56%)和三核苷酸(10.76%)重复; 优势重复基元为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT, 分别占总位点的64.72%、13.74%、8.19%和2.51%。利用Primer Premier 5.0共设计了565对SSR引物, 从筛选出的64对有效扩增引物中随机选择28对引物, 对40份杂交兰种质进行多态性验证与遗传关系分析, 其中16对(占57.14%)引物表现出可重复的高多态性, 平均多态信息量(PIC)达0.789。基于扩增的多态性SSR信息, 40份种质资源可聚为4类, 聚类结果与其遗传背景基本一致。该研究印证了转录组测序获得的Unigene是SSR标记开发的有效来源, 开发的EST-SSR引物可为杂交兰及近缘种的良种鉴别、遗传图谱构建、分子标记辅助育种及功能基因挖掘等提供有价值的候选标记。