第41卷 第2期(2019年2月):235-242 DOI:10.11844/cjcb.2019.02.0008

 

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

 

潘冉冉 季慧慧 黄天怡 胡豪畅 段世伟*

 

(宁波大学医学院医学遗传中心, 宁波 315211   )

 

摘要  视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一, RBL1通常被认为是抑癌基因, 在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用。该文探讨RBL1基因在 结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例 资料和芯片数据, 筛选RBL1基因差异甲基化位点, 并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌 患者预后之间的关系。该研究发现, 待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织 (0.120±0.012 vs 0.113±0.008, P=0.000 04)。随后, 研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价 RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值, 用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准。研究发 现, 启动子区甲基化的AUC达到0.732, 对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%。Cox多因素分析结 果发现, cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002)。该研究通过对TCGA 数据库的挖掘, 发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关, 同时RBL1基因的 甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响。

 

关键词  结肠癌; TCGA; RBL1基因; 甲基化; 生物标志物; 预后

 
收稿日期: 2018-7-18  接受日期: 2018-12-14
宁波大学王宽诚基金资助的课题
 

*通讯作者。Tel: 0574-87609950, E-mail: duanshiwei@nbu.edu.cn

 
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